En el apache hay que habilitar una opción
/etc/httpd/conf/httpd.conf
buscar esto:
AllowOverride all
y renicias el apache y ya esta
service httpd restart
y si el servidor es compartido y no se puede tocar el apache entonces en el .htaccess
hay que poner esto
RedirectMatch 301 ^/index.php/(.*)$ http://midominio.com/$1